在战略相持阶段,中国共产党肩负起抗击日本侵略军的主要责任,党领导的敌后游击战争成为主要的对日作战方式。
日军对抗日根据地“扫荡”的重点是华北地区。1939年春,日本华北方面军制定了“治安肃正计划”,实行军事、经济、文化、特务一体的“总力战”。在1939年和1940年的两年中,仅华北地区日军出动千人以上的大规模“扫荡”就有109次,使用兵力总计在50万人以上。
根据“巩固华北”的战略方针,八路军在华北依靠广大群众,坚持山地游击战争,发展平原游击战争。1939年11月上旬,晋察冀部队在第一二〇师的配合下进行黄土岭伏击战,击毙日本独立混成第二旅团旅团长、所谓“名将之花”阿部规秀中将。《新中华报》发表短评:“抗战以来,敌军中将指挥官,在战场上被我击毙者,此还算是第一次。真值得我们兴奋!”
为了贯彻“发展华中”的战略方针,1939年2月,周恩来受党中央委托,到皖南同新四军领导人商定:新四军的战略任务是向南巩固,向东作战,向北发展。此后,新四军和华中敌后抗日游击战争有了较大发展。1940年5月,党中央派八路军一部1.2万人南下,同新四军一起发展华中抗日根据地。
在华南,广州失陷后,中共广东党组织积极领导开展游击战争,创建东江抗日游击根据地和东江纵队。长期战斗在海南岛的红军游击队开展抗日游击战,后来发展为琼崖纵队。
在东北,党领导的东北抗日联军长期坚持在白山黑水之间,给日、伪军以沉重打击,成为全国抗战中的一支重要力量。在这一时期,日本侵略者对东北抗日联军展开持续残酷的军事“讨伐”。在极端困难的环境下,东北抗日联军不屈不挠地坚持斗争。1938年10月,冷云等东北抗联8名女战士陷入敌人包围后,投入冰冷的乌斯浑河,英勇殉国。1940年2月,东北抗联第一路军总司令兼政治委员杨靖宇在濛江县(今靖宇县)境内陷入日军“讨伐”队重围,冒着零下40摄氏度的严寒,同数倍于己的敌人浴血奋战,最后只身一人,坚持战斗,直至壮烈牺牲。残忍的敌人剖开他的腹部,发现在他的胃里竟没有一粒粮食,有的只是枯草、树皮和棉絮。
从1938年冬到1940年的两年多时间,中国共产党领导的敌后抗战牵制和抗击了大量侵华日军,人民抗日力量在战斗中成长壮大起来。到1940年底,共产党领导的武装部队发展到50万人(东北抗日联军未计算在内),还有大量地方武装和民兵;在华北、华中、华南创建了16块抗日民主根据地,在全民族抗战中发挥着日益重大的作用。
多位国际友人不远万里来到中国,参加艰苦的敌后抗战。他们中有加拿大共产党员诺尔曼·白求恩、德国医学博士汉斯·米勒、美国医学博士马海德、印度医生柯棣华等。1939年11月,在晋察冀军民反“扫荡”作战中,白求恩大夫在抢救八路军伤员时不幸感染中毒,为中国人民的解放事业献出了生命。12月,毛泽东在《纪念白求恩》一文中,号召学习白求恩毫无自私自利之心的精神,做“一个高尚的人,一个纯粹的人,一个有道德的人,一个脱离了低级趣味的人,一个有益于人民的人”。
在敌后战场上,随着人民武装和抗日根据地的迅速发展,也由于当时中国出现了空前的投降危险与抗战困难,1940年8月至翌年1月,八路军总部在华北发动了一次大规模的对日军的进攻。8月20日夜,参战部队、游击队、民兵同时发起攻击。随着战役的展开,陆续参战的部队达到105个团20余万人,这就是百团大战。百团大战是全民族抗战以来八路军在华北发动的规模最大、持续时间最长的一次带战略性进攻的战役。至1940年12月初,敌后军民共作战1824次,毙伤日、伪军2.5万余人,俘日军281人、伪军1.8万余人,破坏铁路470余公里、公路1500余公里,摧毁大量敌碉堡和据点,缴获大批枪炮和军用物资。百团大战给日军的“囚笼政策”以沉重打击,提高了共产党和八路军的威望,在抗日局面比较低沉时振奋了全国人民的信心。