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新中国成立后，各项建设事业百废待兴，同时一些疫病灾害不时袭扰着祖国大地，在有些地方甚至还十分严重。对此，毛泽东要求全国各地必须普遍注意疫情，按照“有疫者治疫，无疫者防疫”的原则认真对待和积极处理疫病灾害问题。
坚持党对防疫治疫工作的集中统一领导。血吸虫病是人畜共患的一种寄生虫病，广泛流行于我国长江中下游各省，危害甚烈。1950年春夏之交，江苏省高邮县突然暴发急性血吸虫病感染，死亡人数上千。该疫情上报到中央之后，毛泽东极为震惊。于是，他指示有关部门安排人员亲赴疫区进行调查研究，并提议邀请江苏、福建、江西等有血吸虫病的省区派出代表到上海参加第二次防治血吸虫病专题会议商讨应对之策。出于统筹协调需要的通盘考虑，1955年11月成立了中央防治血吸虫病领导小组，统一领导南方12个血吸虫病流行的省市区的工作。
1955年12月21日，毛泽东在《征询对农业十七条的意见》中提出要在7年时间内基本上消灭血吸虫病的奋斗目标。为了落实这一任务，国务院发布《关于消灭血吸虫病的指示》，卫生部设立血吸虫病防治局。特别是中央在1957年4月23日明确提出加强党对防治血吸虫病组织工作领导的要求，即“血吸虫病流行地区的乡以上各级党组织，凡是尚未建立防治血吸虫病领导小组的，均应迅速建立起来，其组长均由党组织的一位书记担任”。这样，在党的集中统一领导之下，到1958年我国血吸虫病高发的态势终于得到了有效遏制，像江西余江县等地方的血吸虫病还得到了根治。为此，毛泽东怀着高兴和欣慰之情写下了《送瘟神》诗二首以示庆贺和纪念。
建立疫情报告制度。一个地区一旦发生疫情，早报告乃是防疫治疫的关键，而能否做到这一点则完全取决于有没有真正建立起一整套完整有效的报告制度体系。
毛泽东一直十分重视报告制度的建立和执行。在解放战争时期，他曾经要求各中央局和分局必须由书记自己动手，不要秘书代劳，就军事、政治、土地改革、整党、经济、宣传和文化等各项活动的动态等问题，每两个月向中央和中央主席作一次综合报告，并形成制度。新中国成立以后，他专门要求有关省市委要对本地区已经出现或者可能出现的疫病情况进行仔细检查和讨论，除将讨论情况和计划报告中央之外，还“应当每半年将防治工作向中央作一次专题报告”。很明显，他提出这样要求的目的就是要以此种方式了解和掌握各地和各方面的实际情况，从而为正确决策提供参考。据此，不少省份都出台了疫情报告的专门文件，如华东区制定了《华东传染病报告暂行条例》、山东省下发了《关于各地应严格执行疫情专案报告的通知》、天津市颁布了《流行性乙型脑炎疫情报告暂行办法》等。北京市在制定的《北京市传染病预防及处理暂行办法》中对如何做好疫情报告工作更是从谁是报告人、如何报告、报告时限等方面作出了十分详细且具有较强操作性的规定。
正是在全国各地积极探索疫情报告制度体系的基础上，1955年6月经国务院批准，卫生部发布了《传染病管理办法》，其中对疫情报告时限的规定便具有法律的意义。应该说，该《办法》的正式颁布实施不仅为新中国最终能够建立起疫情报告制度提供了较好的思路，而且也为充分调动各单位各阶层人民遵循防疫治疫报告制度积极性提供了法律依据。
果断采取检疫和封锁。1949年7月13日，察哈尔省察北区前英图浩特村发现首例鼠疫，由于当地政府没有及时采取检疫封锁等措施，在一些群众恐慌逃散过程中，疫情不断扩散，最后导致张家口也传入疫病，对北京构成严重威胁。
有鉴于此，北京市汲取了察北区决策迟缓的教训，迅疾采取了雷厉风行的行动。10月29日，北京市即宣告成立防疫委员会。11月2日，颁布《北京市鼠疫预防暂行办法》。紧接着便决定实施严格的鼠疫检疫措施。如规定由疫区开来北京的火车一律不准驶入北京市界，各线火车之乘客均须在北京站内接受检疫，外来旅客均须经检疫注射后始准进入北京城，各检疫站经检查发现鼠疫患者及疑似患者以及可能受染者立即强制实施隔离治疗，患者住所区域必要时施以隔断及封锁，患者家属及邻近住民予以强制检疫等。次日，北京市防疫委员会决定自西郊东坝镇到北郊琉璃渠建立封锁线并在东郊及南郊、通县、长辛店、丰台等区建立检疫站及隔离所。各封锁线除由当地群众和公安人员担任封锁任务外，还由部队抽调5个排的兵力负责郊区封锁线的封锁。由于北京市的严防死守，截至12月4日，全城没有发现一例鼠疫患者。这样，封锁线自即日起解除，检疫工作遂告结束。正是由于采取了如此严格的检疫和封锁政策，才确保收到了“保卫首都不被鼠疫侵入”的实效。
强力推行预防接种和注射。天花在我国是一种常见的传染病。为了防治这种疫病，中央人民政府卫生部与军委卫生部在1950年上半年联合发布的《关于开展军民春季防疫工作给各级人民政府及部队的指示》中提出必须通过普种牛痘的方式对其加以解决的新路径。
按照这一指示，1950年下半年，卫生部发布《种痘暂行办法》，规定中华人民共和国境内之居民不分国籍，均须种痘。规定凡无正当理由拒绝种痘，经说服教育无效者，各级卫生行政机关得予以强制执行。对于已种痘者，应发给种痘证；对于种痘中发生的一切费用，人民政府实行一律免费的政策，这就免除了不少普通民众因担心付费而拒种的后顾之忧。同时，为了进一步推动种痘工作的快速开展，政务院在发布的《关于发动秋季种痘运动的指示》中指出，对于秋季种痘与一些地方群众风俗习惯不合的问题，各级政府和卫生防疫人员一定要注意宣传教育工作，让群众打破那些非春天不种，桃花开不种，麦子出穗不种，甚至有些必须择日算卦才种的不科学的陈规陋习。这样，经过各级政府和卫生防疫人员的辛勤努力，至1952年上半年，全国完成牛痘接种5亿多人次。到1961年，新中国在全世界率先宣布消灭了流行几千年的天花病。此外，通过死菌疫苗注射、生菌疫苗注射和卡介菌苗接种等举措，在我国肆虐多年的鼠疫、天花、霍乱、伤寒等疫病终于得到了控制，有的甚至绝迹。
